Sinopsis

Setelah upaya NERV yang gagal untuk mengambil Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Instrumentalitas Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar dapat dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3—sebuah pemukiman penyintas yang bebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan-lahan berdamai dengan masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sepenuhnya berbeda dari hari-harinya sebagai pilot Evangelion. Sementara itu, NERV mempersiapkan untuk melanjutkan Proyek Instrumentalitas dengan cara Dampak baru. Ketika kapal induk udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa ia bisa membantu dengan mengendalikan Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pertempuran antara WILLE dan NERV mendekat, masa depan Bumi dipertaruhkan. Dapatkah Shinji menyelamatkan umat manusia dan sisa dunia untuk terakhir kalinya?