Overview

Setelah NERV gagal mencoba untuk mengambil Spears of Longinus dan melaksanakan Project Instrumentality Manusia, kerusakan yang disebabkan oleh Impact Keempat telah sebagian besar dihindari. Dalam keadaan kekacauan, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3 ⁇ a pemukiman selamat bebas dari kerusakan Bumi. Di sana, Shinji perlahan-lahan beradaptasi dengan masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dari masa-masa dia sebagai pilot Evangelion. Sementara itu, NERV membuat persiapan untuk melanjutkan Project Instrumentality dengan cara Impact baru. Ketika kapal tempur udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa dia dapat membantu dengan menembus Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pendekatan antara WILLE dan NERV, satu masa depan dapat dihitung oleh sisa pilot Bumi.