Sinopsis

Pokémon legendaris, Giratina, bertemu dengan Pokémon Temporal, Dialga, di sebuah danau dan berhasil menyeret Dialga ke rumahnya—dimensi alternatif yang terpisah dari dunia normal. Namun, sebuah Pokémon hijau kecil juga ikut terseret dan meskipun ia berhasil meloloskan diri, Dialga memanfaatkan kesempatan ini untuk melarikan diri setelah mencegah Giratina mengejarnya. Setelah secara tidak sengaja merusak piknik Satoshi dan teman-temannya, Pokémon hijau tersebut dibawa ke Pokémon Center di mana ia dirawat untuk luka-lukanya dan diperkenalkan sebagai Shaymin, Pokémon Gratitude yang mitis. Menggunakan telepati, Shaymin meminta agar Satoshi, Hikari, dan Takeshi membawanya ke suatu tempat. Namun, sebelum mereka bisa menemukan kemana harus pergi, kelompok tersebut mendapati diri mereka dikejar oleh Giratina dan seorang pria aneh bernama Zero—keduanya mencari Shaymin yang kecil! Akankah Satoshi dan teman-temannya berhasil menemukan tempat yang diinginkan Shaymin sambil menjaga diri mereka tetap aman?