Sinopsis

Setelah melarikan diri dengan berani dari Museum Memori, Sayaka Miki kembali ke Kota Mitakihara dengan kabar yang mengganggu. Gelisah dengan apa yang telah dia pelajari, Sayaka mengungkapkan kepada Madoka Kaname dan Homura Akemi lokasi Mami Tomoe—tapi yang lebih penting—kebenaran yang mengganggu di balik keberadaan gadis-gadis ajaib. Meski mengetahui nasib kejam yang menanti mereka, ketiganya segera memutuskan untuk bekerja sama dan menyelamatkan Mami sekali dan untuk selamanya. Sementara itu di Kota Kamihama, Yachiyo Nanami memburu berbagai "rumor" dalam pencarian Hotel Fendt Hope, markas dari Wings of Magius. Organisasi gadis ajaib ini adalah satu-satunya petunjuk bagi Yachiyo untuk menemukan Iroha Tamaki, yang hilangnya masih diselimuti ketidakpastian. Bertekad untuk menyatukan kembali Tim Mikazuki Villa, Yachiyo bersumpah untuk menghancurkan Wings of Magius dan menghentikan rencana jahat mereka. Di tengah situasi yang bergejolak, ancaman bencana mendekat, menghadirkan konflik serius yang akan membahayakan seluruh dunia.