Sinopsis

Pada tahun 1600, di medan perang Sekigahara yang diselimuti kabut, sebuah pertempuran sengit terjadi antara dua pendekar pedang yang terkemuka. Salah satunya adalah Kyoushirou Mibu, seorang pejuang yang terampil dan mulia yang memiliki kekuatan unik dari Klannya. Yang lainnya adalah pembunuh seribu orang, dengan mata dan rambut berwarna darah, "Mata Iblis" Kyou. Bentrokan legendaris mereka terputus ketika sebuah meteorit dari langit jatuh ke medan perang itu, meninggalkan keduanya menghilang setelahnya. Samurai Deeper Kyou dimulai empat tahun setelah pertempuran itu, ketika seorang pemburu hadiah bertangan dingin bernama Yuya Shiina memburu Kyoushirou—yang sekarang menjadi dukun keliling yang cabul dan memiliki utang besar. Di tengah perjalanan untuk mengklaim hadiahnya, mereka diserang oleh monster tak manusiawi yang ingin menelan Kyoushirou. Pertemuan ini membangkitkan "Mata Iblis" Kyou, yang pikirannya terjebak di dalam tubuh Kyoushirou sejak pertempuran yang menentukan itu. Maka dimulailah kisah besar tentang dua pendekar pedang legendaris dan penemuan rahasia mereka.