Sinopsis

Suatu ketika, sebuah ras yang dikenal sebagai Angel Bayangan menyerang Bumi untuk memanen kekuatan kehidupan dari semua makhluk yang menghuni planet ini. Berkat sebuah keajaiban yang luar biasa, Angel Bayangan tertidur, dan umat manusia dapat hidup selama 12.000 tahun tanpa takut akan kehadiran mereka. Namun, 11 tahun setelah sebuah bencana yang disebut Holy Genesis membawa kehancuran ke Bumi, Angel Bayangan terbangun dari tidur mereka dan melanjutkan serangan sekali lagi. Untuk memberikan sedikit peluang kepada umat manusia, sebuah organisasi bernama DEAVA dibentuk, dan penggunaan senjata robotik bernama Aquarion telah disetujui. Agar Aquarion dapat mencapai kekuatan penuh, tiga pilot harus menggabungkan hati, tubuh, dan jiwa mereka menjadi satu—suatu prestasi yang sedikit orang dapat harapkan untuk dicapai. Dengan demikian, pencarian untuk 'Pengguna Elemen' diberi prioritas, berharap dapat memastikan masa depan umat manusia. Sousei no Aquarion mengikuti kisah Apollo, seorang pemuda liar yang dibesarkan dalam kemiskinan, yang diyakini sebagai pahlawan legendaris yang bereinkarnasi. Setelah sahabatnya diambil oleh Angel Bayangan, Apollo memilih untuk menjadi pilot Aquarion. Akankah dia mampu mengubah arah perang, dan membebaskan umat manusia dari ancaman Angel Bayangan sekali dan untuk selamanya?