Sinopsis

Dalam pencarian cinta sejatinya, Kanako Miyamae pindah ke sekolah Katolik Ame no Kisaki, terinspirasi oleh bagaimana orang tuanya jatuh cinta di sana. Namun, ada satu perbedaan: karena laki-laki membuat Kanako mengalami ruam, ia sebenarnya datang ke sekolah khusus wanita untuk mencari pasangan sejenis. Ketika ia bertemu dengan Mariya Shidou yang cantik, Kanako yakin telah menemukan seseorang yang istimewa; namun, ada lebih banyak hal tentang Mariya daripada yang terlihat—ternyata cinta pertama Kanako sebenarnya adalah seorang pemuda yang menyamar sebagai perempuan. Mariya mengancam akan mengungkapkan niat tidak murni Kanako jika ia tidak merahasiakan jenis kelamin aslinya, dan untuk memperburuk keadaan, ia juga menggantikan teman sekamar asli Kanako agar bisa mengawasinya. Maria†Holic mengikuti Kanako saat ia mencari cinta di tempat yang salah dan mencari gadis impiannya—itu jika ia bisa bertahan menjadi teman sekamar Mariya!