Sinopsis

Menggunakan fosil Pokémon Legendaris Mew, Tim Roket telah menciptakan klon Pokémon pertama yang berhasil. Diberi nama Mewtwo, Pokémon buatan manusia ini dengan cepat merasa marah dengan keadaan penciptaannya dan mulai melakukan kekacauan. Ia segera didatangi oleh Sakaki, pemimpin Tim Roket, dan dimanipulasi untuk melakukan tindakan jahat. Tersingkir oleh tipu daya manusia dan kekejaman yang telah dideritanya, Mewtwo mengasingkan diri dari semua orang dan merencanakan balas dendam terhadap manusia sambil mencoba menemukan tujuan sebenarnya dalam hidup. Menyamar sebagai pelatih Pokémon terkuat di dunia, Mewtwo menarik perhatian pelatih-pelatih paling kuat di wilayah yang ingin melawan lawan misterius yang baru ini. Dengan nasib dunia dipertaruhkan, pelatih terkenal Satoshi, Takeshi, dan Kasumi harus bertarung melawan Mewtwo dan mengalahkannya sebelum ia membawa kehancuran bagi umat manusia.