Sinopsis

Film dimulai dengan Fuyuki Hinata dan Pasukan Keroro menjelajahi sebuah kuil yang ditinggalkan di kota puncak gunung Machu Picchu di Peru. Saat menjelajah, Keroro secara tidak sengaja mengaktifkan sebuah jebakan, dan secara kebetulan mereka menemukan sebuah ruangan tersembunyi dengan sebuah kristal biru besar di tengahnya, di atas sebuah dudukan yang memiliki kunci di dalamnya. Keroro bersandar pada kunci, menyebabkan ruangan itu mengaktifkan sebuah mesin misterius, yang membuat seluruh kuil bergetar. Begitu grup menyadari apa yang terjadi, mereka berlari keluar dari ruangan. Saat berlari, Keroro secara tidak sengaja kehilangan Kero Ball-nya sementara Fuyuki melihat sekilas seorang wanita muda yang bercahaya saat ia berlari keluar, dan memberi tahu Keroro bahwa ada seorang gadis di ruangan, tetapi ia terpaksa meninggalkan ruangan sebelum dapat mengatakan lebih banyak. Grup tersebut berhasil melarikan diri, sementara gadis itu (sekarang tumbuh sepasang sayap bercahaya) menyaksikan mereka pergi - sementara di kembali di ruangan, sesuatu sedang tumbuh di dalam kristal...