Sinopsis

Setelah Leader X tampaknya dihancurkan untuk selamanya di akhir Gatchaman II, sebuah fragmen darinya yang selamat tumbuh dan bermutasi menjadi Z. Bersama dengan kepala keluarga Egobossler, Count Egobossler (dan dua bawahannya Mechandol dan Kempler), Z bertekad untuk menghancurkan Bumi dan Tim Ninja Ilmu Pengetahuan sekali lagi. Usai kematian Anderson, Dr.Nambu telah menjadi kepala baru ISO, sementara tim kini terkurung di pangkalan bawah air Gallatown (alias "G-Town"). Insinyur Kamo diperkenalkan, dan setelah New GodPhoenix dihancurkan di awal, tim menerima Gatchaspartan baru sebagai mecha mereka. Gatchaspartan juga memiliki mode khusus yang disebut Hypershoot, yang hanya dapat digunakan oleh Ken (dengan pedang "Gatchafencer" barunya). Seiring perkembangan seri ini, ditemukan bahwa paparan radiasi akibat penggunaan terus menerus dari Hypershoot perlahan-lahan membunuh Ken, dan penggunaan yang berkelanjutan akan berarti kematian. Sementara itu, Z merencanakan untuk menghancurkan bumi dengan asteroid antimateri, bernama sandi "Poison Apple".