Sinopsis

Setelah penutupan kasus "Laughing Man", Seksi 9 didirikan kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk melawan ancaman berkelanjutan terorisme siber. Sekelompok orang yang menyebut diri mereka "The Individual Eleven" mulai melakukan tindakan teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota Seksi 9 lainnya menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena para pengungsi asing yang terpaksa meninggalkan rumah akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Namun, saat anggota tim operasi khusus terus menemui Gouda Kazundo—seorang anggota terkemuka dari Layanan Intelijen Kabinet—dalam pencarian mereka, mereka mulai curiga bahwa dia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi dan The Individual Eleven mungkin lebih terkait daripada yang mereka sadari...