Sinopsis

Tahun 2148. Dua tahun setelah akhir dari serial TV Fafner in the Azure yang asli, Pulau Tatsumiya dan penduduk yang selamat telah kembali ke keadaan pemulihan yang menyerupai. Namun, segalanya telah menjadi putus asa bagi pahlawan kita, Kazuki; hampir buta sekarang, dan sebagian lumpuh akibat pertarungannya dengan Festum dua tahun sebelumnya, ia bergantung pada janji teman yang jatuh, Soushi, untuk kembali ke pulau dan memperbaiki segalanya. Harapan Kazuki menyala ketika sebuah makhluk hidup terdeteksi dalam kapal selam tanpa awak yang melayang ke Teluk Tatsumiya suatu malam, tetapi orang di dalamnya bukan Soushi; itu adalah seorang “anak laki-laki” misterius bernama Misao Kurusu yang mungkin tidak sepenuhnya manusia, dan yang mengklaim telah dikirim oleh Sōshi. Dengan kedatangan Misao, permusuhan kembali meletus antara Angkatan Manusia dan Festum, dan para pilot Fafner terperangkap dalam pertarungan paling putus asa dalam hidup mereka - kali ini, dengan nasib DUA ras yang dipertaruhkan di bahu mereka.