Sinopsis

Di tahun Cosmic Era 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di galaksi antara Coordinator, manusia yang sifat biologi mereka telah diubah sebelum lahir, dan Natural, orang-orang yang tidak diubah dan tetap di planet Bumi. Kebencian mendalam Naturals terhadap Coordinator mendorong makhluk maju tersebut ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia. Kira Yamato adalah seorang Coordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya menjadi kacau saat ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Coordinator pemberontak, menyerang koloni itu dalam upaya mencuri satu set lima mobile suit militer canggih yang dikenal sebagai Gundam. Sementara ZAFT berhasil membawa pergi empat mobile suit, Kira mengendalikan Gundam terakhir, Strike. Selamat dari pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan awak Archangel, sebuah kapal yang dioperasikan oleh Earth Alliance, dan para prajurit muda tersebut mengalami horor perang dan kehilangan yang menyertainya.