Sinopsis

Pada tahun Cosmic Era 0071, pertarungan di tengah perang antara dua mobile suit mengakibatkan kehancuran sebuah negara netral. Shinn Asuka menemukan seluruh keluarganya terbunuh sebagai korban kekerasan tersebut, dan bersumpah untuk membalas dendam terhadap kekuatan Alam Bumi, dengan pemikiran bahwa merekalah yang bertanggung jawab atas kematian keluarganya. Shinn bekerja keras melalui angkatan militer ZAFT, akhirnya mendapatkan akses ke kokpit mobile suit prototipe Impulse. Athrun Zala, seorang veteran perang baru-baru ini yang bekerja di bawah diplomat Cagalli Yula Athha, mendapati dirinya terlibat dalam konflik baru antara Naturals dan Coordinators: manusia yang secara artifisial ditingkatkan sebelum lahir dan dibenci oleh Naturals karena keunggulan biologis mereka. Saat perang baru muncul dan kekerasan menjadi tak terhindarkan, Athrun mendapati dirinya sebagai mentor bagi Shinn yang penuh amarah. Athrun harus membimbing pilot muda ini menuju pola pikir penuh belas kasihan sebelum kemarahan dan keinginannya untuk balas dendam menguasainya.