Özet

Yıl 21XX. Reploidler artık sıradan hale geldi, Dr. Cain, Dr. Light'ın eski laboratuvarını yeniden keşfettikten sonra Dr. Light'ın orijinalinden, "Megaman X" olarak adlandırılan birkaç tasarım oluşturdu. Bu arada, X, Maverick Hunters'a katıldı ve General Sigma'nın komutasındaki birim lideri Zero ile çalışıyor. Görevleri, şiddetli hale gelen isyancı reploidleri yok etmektir.