Özet

Yıl 2148. Orijinal Fafner in the Azure TV dizisinin sona ermesinden iki yıl sonra, Tatsumiya Adası ve hayatta kalan sakinleri bir tür toparlanma sürecine girmiştir. Ancak, kahramanımız Kazuki için işler umutsuz hale gelmiştir; artık neredeyse kördür ve iki yıl önceki Festum'la olan savaşlarından kısmen sakat kalmıştır. Düşen arkadaşı Soushi'nin ona adaya geri dönüp her şeyi düzeltme sözüne tutunmaktadır. Bir gece, Tatsumiya Koyu'nda yüzen insansız bir denizaltının içinde bir yaşam formu tespit edildiğinde Kazuki'nin umutları yeniden alevlenir, ancak gemideki kişi Soushi değildir; tam anlamıyla insan olduğu söylenemeyen ve Sōshi tarafından gönderildiğini iddia eden gizemli bir "çocuk" olan Misao Kurusu'dur. Misao'nun gelişiyle, İnsan Ordusu ile Festum arasında yeniden düşmanlıklar patlak verir ve Fafner pilotları hayatlarının en çaresiz savaşına atılır - bu sefer iki ırkın kaderi omuzlarında yük olmaktadır.