Özet

1973'te, acımasız altı yıl süren Ay Savaşı'nın ardından, BETA olarak bilinen düşman uzaylı türü—insan ırkının düşmanı olan, Dünya Dışı kökenli varlıklar—Dünya'ya saldırarak milyarlarca insanı öldürdü ve Avrasya'yı harap etti. BETA, geleneksel silahlarla yok edilebilse de, lazer sınıfı tüm hava filosunu ortadan kaldırma kapasitesine sahiptir ve insanlığın onlarla savaşmak için Taktik Yüzey Savaşçıları (TSF) adını verdikleri dev savaş giysileri geliştirmesine neden olur. BETA, 1998'de Japonya'ya ulaştığında, askeri okul öğrencisi ve TSF pilotsu—veya eishi—Yui Takamura, Kyoto'nun son savunma hattını sınıf arkadaşlarıyla birlikte savunma emri alır. Sayısız insan hayatı ve Yui'nin arkadaşlarının fedakarlığı pahasına, Japon İmparatorluk Ordusu işgalcileri püskürtme başarısını elde eder, geride ise yıkım bırakır. Ancak bu karşılaşma, Yui'yi bir daha asla böyle bir şeyin olmasına izin vermemeye kararlı hale getirir. Üç yıl sonra, şimdi bir teğmen olan Yui, Alaska merkezli Japon-Amerikan TSF geliştirme programı olan XFJ projesine katılır. İşbirliği yapmayan Japon-Amerikan test pilotu Yuuya Bridges ve BETA tarafından kaybedilen ülkelerden gelen çeşitli eishi'den oluşan uluslararası bir ekipte, Yui'nin görevi yeni Japon TSF'si Shiranui'yi geliştirmeye yardımcı olmaktır. Soğuk Savaş'tan miras kalan politik gerginlikler arasında, Muv-Luv Alternative: Total Eclipse, Yui'nin hassas görevini ve Yuuya'nın onu hala rahatsız eden geçmişin iblislerini aşma yolculuğunu takip eder.