Özet

A.D. 2089 - Uzay Savaşı I'in hem insan hem de Zentraedi ırklarının yaşamlarını değiştirmesinin üzerinden 80 yıl geçti. Her iki ırk da Dünya'da barış içinde yaşarken, "Marduk" adında yeni bir uzaylı ırkı Güneş Sistemi'nde belirmektedir. Birleşmiş Milletler Uzay Kuvvetleri ile Marduk filosu arasındaki ilk çatışmayı haber yaparken, SNN'in çaylak muhabiri Hibiki Kanzaki, Marduk'un savaş yeteneklerini şarkı söyleyerek artıran bir "Emülatör" olan Ishtar'ı keşfeder. Hibiki, Ishtar'ı Dünya'ya getirir ve ona yaşam ve kültür değerlerini öğretir. Uçuşta uzman Valkyrie pilotu Silvie Gena ile birlikte Hibiki ve Ishtar, Marduk lideri Ingues'in elinde Dünya'nın tamamen yok olmasını engellemenin bir yolunu bulmak zorundadır.