Özet

Yerli işgalcilerin ilk yenilgisinden beri otuz iki yıl geçti. A.E.G.I.S artık neredeyse dağılmış durumdaydı ve yalnızca birkaç Gate Keeper'dan oluşan bir yeraltı örgütü haline geldi. Üyelerinden biri olan Ayane Isuzu, genel olarak toplumdan bıkmıştır, ancak babasına karşı öfkesinin bir sonucu olarak işgalcileri yenmeye devam etmektedir. Aniden, Makine Genel (Kikai Shogun) ve Şeytan Kontu (Akuma Hakushaku)'nun yeniden dirilişini öğrenir, fakat artık onlara gizemli bir hayalet kız eşlik etmektedir. Ayane ve A.E.G.I.S’in kalıntılarının, onları durdurup insanlığı bir kez daha kurtarması gerekmektedir.