Özet

Mekanikleşmiş dünya Andromeda'nın yıkımına rağmen, makine imparatorluğu hala galaksiyi fethetmeye devam ediyor ve Dünya, bir savaş alanı haline geldi. Galaxy Express 999 trenindeki yolculuğundan dönen Tetsurou Hoshino, direnişe katılıyor ve insanlığını koruyan diğerleriyle birlikte savaşıyor. 999, Dünya'ya döndüğünde, Tetsurou eski yol arkadaşı Maetel'den gizemli bir kayıtlı mesaj alıyor; ona bir kez daha trene binmesini söylüyor. Megalopolis istasyonuna doğru yol alırken, trene yetişiyor fakat tren hareket etmek üzere. Ancak bu sefer Tetsurou, birkaç gizemle karşılaşıyor: Maetel ortalıkta yok, ominöz bir "Hayalet Tren" ortaya çıkmış ve 999'un nihai hedefi bilinmiyor. Tüm bunların ortasında, Tetsurou gizemli siyah şövalye Faust ile karşılaşıyor ve kısa süre sonra makine imparatorluğunun en karanlık sırrını keşfediyor.