Özet

Myouri Unzen'in Medaka Kurokami ve Öğrenci Meclisi tarafından yenilgiye uğratılmasının ardından, Hakoniwa Akademisi'nde barış sağlanmıştır - en azından kısa bir süreliğine. Kısa süre sonra, Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune ve Mogana Kikaijima kendilerini okulun müdürü tarafından yürütülen "Flask Planı" olarak bilinen başka bir kötü niyetli komplonun içinde bulurlar. Ancak meclisin birinci sorunu, kendilerine "On Üçler Partisi" diyen, egoist ama güçlü Oudo Miyakonojou tarafından yönetilen yeni bir süper insan öğrenciler grubuyla başa çıkmaktır. Gizemli Flask Planı, Oudo'nun zorbalığı ve eski bir düşmanın yeniden ortaya çıkması ile Hakoniwa Akademisi'nin durumu huzurdan uzaktır ve Medaka ile arkadaşları, her şeyin çok daha anormal hale gelmesiyle birlikte elleri dolu kalmaktadır.