Özet

Takım Roketi lideri Giovanni, Johto bölgesinin uzak bir alanında Mewtwo'yu bulmuştur. Giovanni, Mewtwo'yu yeniden yakalamaya çalışırken, Ash ve arkadaşları, Pikachu'yu Jessie ve James'ten kurtarmaya çalışırken, yeni bir Takım Roketi üyesi olan Domino tarafından kaçırılır. Klon Pokémonlar da yakalanır ve Mewtwo için yem olarak kullanılır. Durum, Mewtwo ve Giovanni'nin iradesi arasında bir savaşa dönüşür; Mewtwo aynı zamanda kendisinin ve klonların hayatta bir amacı olup olmadığını keşfetmeye çalışır, hatta bunlar bilim ürünleri olsalar bile.