Özet

Zentraedi'nin Dünya'ya gelmesinden bir yıl önce geçen Macross Zero, U.N. Spacy ile anti-U.N. grupları arasındaki savaşın son günlerini anlatıyor. Anti-U.N.'nin en yeni savaş uçağı tarafından düşürülen ace pilot Shin Kudo, teknolojinin neredeyse hiç olmadığı Mayan adasında kendini bulur. Shin yaralarını iyileştirmek için adada kalırken, adanın huzuru, U.N.'nin en yeni savaş uçağı olan VF-0'ın dahil olduğu bir savaşla bozulur.