Özet

Yıllar önce Dünya'yı yok ettikten sonra, Gauna adlı uzaylı ırkı insanlığın geri kalanını takip etmektedir; bu insanlar, son anda kaçmayı başardıklarından, galaksinin dört bir yanına devasa tohum gemileriyle sığınmışlardır. 3394 yılında, Nagate Tanikaze, tohum gemisi Sidonia'nın derinliklerinde geçtiği ömrünün ardından üst seviyelerde yiyecek aramak için yüzeye çıkar ve kendini bilmeden gelişen olayların içine sürüklenmiş bulur. Gauna, Sidonia'ya saldırmaya başladığında, Tanikaze'nin, birlikte savaştığı asker arkadaşları Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose ve Yuhata Midorikawa'nın yardımıyla insanlığın hayatta kalma umudunu savunması ve uzaylı düşmanlarını yenmesi gerekecektir. Sidonia no Kishi, Tanikaze'nin hayatı boyunca üstünde olan dünyayı keşfederken, Sidonia'nın ihtiyaç duyduğu kahraman olma yolculuğunu takip eder.