Özet

Bahar mevsimi yaz mevsimine dönerken, Makoto Yuuki Uzman Ekstra Mücadele Ekibi (SEES) ile birlikte kalmaya devam eder. Ekip, büyük ve küçük Gölgeleri yenmeye devam ederken, artık yeni bir düşmanla karşı karşıya gelir: Strega, Karanlık Saat'i avantajlarına kullanmak isteyen asi Persona kullanıcılarından oluşan bir grup. Strega'nın Karanlık Saat'in gerçek doğasına dair bir ipucu barındırdığı görünmektedir. SEES, Yakushima'da yaz tatilinin tadını çıkarırken, Gölgeleri yok etmek için tasarlanmış amnezi halinde bir android olan Aegis onlara katılır. Güçlü bir müttefik olduğunu kanıtlamasına rağmen, Makoto'ya açıklanamayan bir şekilde çekilir ve sürekli onun yanında kalır. Karanlık Saat'in gizemlerine daha derinlemesine inmeye başladıkça, bu iki kişiyi bir arada tutan gizemli bağın doğası yavaş yavaş açığa çıkar.