Özet

Büyük bir Gauna ile çarpışmaktan bir avuç insan hayatı pahasına güçlükle kurtulan Kobayashi—uzay gemisi Sidonia'nın kaptanı—siyasi paradigmasını değiştirmeye yönlendirilir. Tam yetkiyi eline aldığı zaman, Kobayashi, eski Sidonların yakın zamanda bir koloni kurduğu Lem sisteminden Gaunaları ortadan kaldırmayı hedeflemektedir. Hırsı, son derece etkili ve uzun menzilli anti-Gauna silahlarının geliştirilmesi ve büyük yıkım gücüne sahip ilk insan-Gauna chimera'sı olan Tsumugi Shiraui'nin yaratılması gibi iki atılımla gerekçelendirilir. Chimeralara karşı düşmanlık ve belirsiz büyük ölçekli askeri seferiyle yüzleşen Kobayashi, yeni elit pilot Nagate Tanikaze'nin yardımını ister. Kişisel deneyimlerinden dolayı Tanikaze, Tsumugi ile yakın bir bağ geliştirir. İnsanlığın en güçlü rakibine karşı olan son savaş yaklaşırken, Tanikaze, arkadaşları Izana Shinatose ile son barış günlerinin tadını çıkarmaya çalışır; tüm bunlar olurken Kobayashi gizlice Sidonia'nın tamamen yok olmasına yol açabilecek deneysel bir silahın geliştirilmesine devam etmektedir.