Özet

Dünya, Gauna olarak bilinen gizemli uzaylı yaşam formları tarafından yok edildikten sonra, insan ırkının hayatta kalan kalıntıları dev nesil gemisi Sidonia'ya kaçarak uzaya sığındı. Binlerce yıl uzayda sürüklendikten sonra, Sidonia bir asır içinde ilk kez Gauna'nın saldırısına uğradı. Yeniden yok olma tehdidiyle karşılaşan Sidonia, insan-Gauna melez Tsumugi Shiraui ve usta Koruyucu mech pilotu Nagate Tanikaze sayesinde Gauna'ya karşı geçici bir zafer elde etti. 10 yıl sonra... Sidonia halkı kısa bir nefes alma fırsatı bulur. Tsumugi, şimdi Sidonia'nın bir kahramanı olarak kutlanan Nagate'a karşı hislerini fark etmeye başlar. Ancak, Kaptan Kobayashi'nin her zaman bildiği gibi, Gauna mevcut oldukça barış sürdürülemez. Karar verilir: insanlığın son hayatta kalanlarının kaderinin bağlı olduğu nihai bir savaş. Son yaklaşırken, mürettebat sevdiklerini koruyabilecek mi?