Özet

Umutsuz bir savaş ve birçok kayıptan sonra, insanlar sonunda 20 bin yıl önce insanlığın Dünyayı terk etmesine neden olan canavarı, Godzilla'yı öldürür. Ancak Haruo Sakaki'nin birliklerinin öldürdüğü yaratık yalnız değildi; dünyada henüz yenilmemiş başka bir Godzilla daha vardı. İlk çatışmadan ağır yaralanan Sakaki, Houtua kabilesinin bir üyesi olan genç bir kızın evinde uyanır. İnsanlara şaşırtıcı bir benzerlik taşıyan Houtua, uzun zamandır terk edilmiş olan gezegenin değişen iklimine uyum sağlamayı başarmıştır. Kaynakları tükenen Sakaki'nin özel kuvvetlerinin geri kalan üyeleri, görevlerini ve ev gezegenlerini bırakma ya da imkansız bir savaşa girme kararıyla mücadele eder. Ancak umut tamamen kaybolmamıştır, çünkü Bilusaludo uzaylı ırkından üyeler, anti-Godzilla silahları Mechagodzilla'nın kalıntılarını keşfeder. Bu güçlü silahı envanterlerinde bulundursalar bile, zaferi elde etmek imkansız görünmektedir: Godzilla bütün bu süre boyunca evrim geçirip, üstünlüğünü sorgulayan herkesi yenmek için hazırlanmaktadır.