Özet

Üçüncü Darbe'nin üzerinden on dört yıl geçtikten sonra, Dünya, post apokaliptik bir çöl haline gelmiştir, insan medeniyeti harabe halindedir ve Shinji Ikari'nin tanıdığı insanlar neredeyse tanınmaz hale gelmiştir. Evangelion Unit-01'in içinde sıkışıp kalan Shinji, Asuka Langley Shikinami ve Mari Illustrious Makinami tarafından uzaydan kurtarılır, ancak kendisini eski koruyucusu Misato Katsuragi'nin liderlik ettiği WILLE adındaki bir askeri fraksiyonun esiri bulur. Soğuk ve acımasız, eski müttefikleri ona şüpheyle bakar ve eylemlerinin sonuçlarıyla yüzleşirken ona destek olmayı reddederler. Yaralı ve kafası karışık olan Shinji, WILLE'den Rei Ayanami tarafından kurtarılır ve NERV merkezine geri getirilir. Orada, ona sıcaklık ve NERV'in Meleklerle olan savaşının durumu hakkında içgörü sunan gizemli Kaworu Nagisa ile tanışır ve kısa sürede arkadaş olurlar. Ancak Shinji ve Kaworu'nun kısa molası, yeni bir savaşın eşiğinde sona ermektedir; bu savaşta Shinji, düşmanlarının artık Melekler değil, eski yoldaşları olduğunu keşfedecektir. Dünyanın geleceğini belirlemek için bu acımasız çatışmada, Shinji geçmişin gerçekten geri alınamaz olduğunu ilk elden öğrenecektir.