Özet

NERV'in Longinus Mızrakları'nı geri alma ve İnsan Enstrümantasyon Projesi'ni gerçekleştirme girişiminin başarısız olmasının ardından, Dördüncü Etki'nin neden olduğu yıkım büyük ölçüde önlenmiştir. Dağıntı içinde, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami ve Rei Ayanami, Dünya'nın yok oluşundan kurtulmuş bir hayatta kalan yerleşimi olan Köy 3'e giderler. Orada, Shinji yavaş yavaş geçmişiyle yüzleşirken, Evangelion pilotu olduğu günlerden tamamen farklı bir yaşam geliştirmektedir. Bu arada, NERV, yeni bir Etki aracılığıyla Enstrümantasyon Projesi'ni sürdürmek için hazırlık yapmaktadır. WILLE'ın ana havadan savaş gemisi köye ulaştığında, Shinji, bir Evangelion kullanarak yardımcı olabileceğine inandığı için gemiye binmeye karar verir. Yeni sırlar ortaya çıktıkça ve WILLE ile NERV arasındaki savaş yaklaşırken, Dünya'nın geleceği tehlikeye girer. Shinji, insanlığı ve kalan dünyayı bir kez daha kurtarabilir mi?