Özet

1600 yılında, Sekigahara'nın fog-covered savaş alanında, iki exemplary kılıcı tarafından karşılanmıştı. Biri Kyoushirou Mibu, Mibu Klanının eşsiz güçleri elinde yetenekli ve soylu bir savaşçıydı. Diğeri bin kişilik, gözlerle ve saçlarla kan rengiydi, "Demon Eyes" Kyou. Efsanevi çatışmaları göklerden bir meteor bu savaş alanına düştükten kısa kesilmişti, her ikisi de uyanmasına yol açtı. Samurai Deeper Kyou bu savaştan dört yıl sonra başlar, Yuya Shiina ismi tarafından silah taşıyan bir avcı, Kyoushirou'yu avlar - şimdi büyük bir borç inşa eden bir perverted, seyahat tıp adamı. Onun bounty iddia etme tarzında, Kyoushirou'yu yutmaya çalışan bir insan canavarı tarafından saldırıya uğrarlar. Bu karşılaşma, Kyoushirou'nun cesedinin içinde o kader savaşından beri kapanmış olan “Demon Eyes” Kyou uyandırıyor. Böylece efsanevi iki kılıçtan büyük bir masal başlar ve sırlarının keşfi.