Özet

Gelecekte insanlık diğer gezegenlere yayılmış ve kolonileşmiştir. Sonrasında, Victim adında bir uzaylı türü, insan kolonilerine saldırarak sadece bir gezegen, Zion'u bırakır. Victim'in son gezegeni yok etmesini durdurmak amacıyla, Zion kolonilerinden erkekleri toplayıp, onları Tanrıçalar, yani Zion'u koruyan beş savaş robotu olan Ingrids'in pilotları olmaya eğitmek için bir eğitim okulu, GOA, kurulmuştur. Çocuklar, nadir bir kan grubuna, EO, ve ayrıca özel bir yeteneğe, ya da EX, sahip olmalıdır. Zero (Aday 88), GOA'ya yeni geldiğinde Ingrid Eeva-Leena'nın kokpitine düşer. Pilot ile Ingrid arasındaki senkronizasyon çok hassas olduğu için herkes Tanrıçanın, senkronizasyon sağlamak amacıyla Zero'yu öldüreceğini düşünür. Zero bayılmadan önce Tanrıça ile tam bir senkronizasyon sağlar. Olay hakkında daha fazla bilgi edinmeden pilot eğitimi başlar.