Sinopsis

Kehidupan biasa siswa SMA Ayato Kamina berubah total ketika Tokyo tiba-tiba diserang oleh jet tempur futuristik. Di tengah kekacauan, ia bertemu seorang wanita bernama Haruka Shitow yang mengklaim berasal dari organisasi pemerintah bernama TERRA. Dia mengungkapkan bahwa Ayato telah hidup dalam gelembung waktu bernama "Tokyo Jupiter" yang dibuat oleh Mulians—humanoid dari dimensi lain—dalam upaya untuk mengisolasi dan mengambil alih Tokyo. TERRA telah berusaha menembus batasan yang mengelilingi kota sejak itu. Tidak dapat memproses wahyu tersebut, Ayato panik dan melarikan diri. Ia bertemu dengan rekannya Reika Mishima yang mengarahkannya ke sebuah tempat bernama "Kuil Xephon" di mana sebuah telur besar tertidur. Dia mulai bernyanyi dan kekuatan tak dikenal terbangun dalam diri Ayato, menghubungkannya dengan sebuah makhluk bernama RahXephon yang keluar dari telur. Tak lama setelah itu, Haruka menemukannya lagi dan mencoba membujuknya untuk bergabung dalam perjuangannya melawan Mulians. Terjebak di antara Mulians dan TERRA, Ayato mulai mempertanyakan tujuannya, menjelajahi memori yang berubah dan pada akhirnya identitasnya sendiri di dunia baru yang penuh kekacauan ini.