Sinopsis

Ayato Kamina terpisah dari gadis yang dicintainya, Haruka Mishima, ketika sebuah peristiwa terjadi yang dianggap telah membunuh semua orang di luar Tokyo. Tapi suatu hari, tiga tahun kemudian, penyerang tiba-tiba menyerang kota. Saat itulah ia bertemu dengan agen TERRA, Haruka Shitow, yang memberitahunya bahwa dia akan memberinya kebenaran tentang dunia. Ini adalah awal dari serangkaian peristiwa aneh, yang melibatkan dia mengaktifkan mecha raksasa, RahXephon dan menemukan bahwa banyak orang, termasuk ibunya sendiri, memiliki darah biru, dan bahwa dia sebenarnya tinggal di dalam dimensi terkurung di mana waktu bergerak lebih lambat daripada di dunia luar.