Özet

Uzak bir gelecekte, insanlık mekanik bedenler satın alarak sonsuza dek yaşamanın bir yolunu bulmuş; ancak bu ölümsüzlük yolu son derece pahalıdır. Fakir bir çocuk olan Tetsurou Hoshino, evren boyunca seyahat eden Galaxy Express 999 treni için bir bilet satın almak istemektedir. Çünkü trenin sonunda, yolculara ücretsiz mekanik beden sağlandığı söylenmektedir. Ancak Tetsurou'nun annesi, kötü niyetli makine-insan melez Count Mecha tarafından vurulunca, her şey kaybolmuş gibi görünmektedir. Tetsurou, gizemli Maetel tarafından kesin ölümden kurtarılır; Maetel, uzun boylu, sarışın bir kadındır ve Tetsurou'nun annesine çarpıcı bir şekilde benzemektedir. Ona, Galaxy Express'te bir bilet verir, ancak bir koşul vardır: birlikte seyahat etmeleri gerekmektedir. Böylece Tetsurou, en çok istediği şeye ulaşma umuduyla evrende birçok eşsiz gezegeni ve heyecan verici maceraları keşfe çıkar.