Özet

Lise öğrencisi Ayato Kamina'nın sıradan hayatı Tokyo aniden futuristik dövüş jetleri tarafından işgal edildiğinde ortaya çıkıyor. kaosun ortasında, Haruka Shitow adında bir kadınla karşılaşır ve TERRA adında bir hükümet örgütünden olduğunu iddia eder. Mulians tarafından yer alan "Tokyo Jüpiter" isimli bir zaman balonunda yaşadığını ortaya koyuyor - başka bir boyuttan insanoidler - Tokyo'yu izole etmeye ve devralmaya çalışıyor. TERRA, şehri çevreleyen bariyerle her zaman kırılmaya çalışıyor. Tefsir, Ayato paniğe ve kaçtı. Onun sınıf arkadaşı Reika Mishima'ya onu büyük bir yumurta slumbers olduğu “Xephon Shrine” adında bir yere götürüyor. Ayato'da şarkı söylemeye başlar ve bilinmeyen bir güç uyandırır, onu yumurtadan kıran RahXephon'a bağlar. Kısa bir süre sonra Haruka onu tekrar bulur ve Mulians'a karşı savaşmak için ona katılmaya çalışır. Mulians ve TERRA'nın haçları arasında Ayato, amacını sorgulamaya, değişen anıları ve nihayetinde bu kaotik yeni dünyada çok kimliğini sorgulamaya başlar. [MAL Rewrite tarafından yazıldı]