Özet

Ayato Kamina, Tokyo'nun dışındaki herkesin öldüğü düşünülen bir olay meydana geldiğinde sevdiği kız Haruka Mishima'dan ayrıldı. Ancak üç yıl sonra bir gün, işgalciler aniden şehri saldırdı. O zaman, ona dünyanın gerçeğini vereceğini söyleyen TERRA'nın bir ajanı Haruka Shitow ile tanışır. Bu, onu dev bir meka olan RahXephon'u etkinleştirmesi ve kendi annesi de dahil olmak üzere birçok insanın mavi kanına sahip olduğunu öğrenmesi gereken tuhaf olayların bir serisinin başlangıcıdır. Ayrıca, aslında zamanın dış dünyaya göre daha yavaş aktığı, kendine kapalı bir boyutta yaşadığını keşfeder.